Modernizacja budynków dawnego szpitala kolejowego trwała ponad dwa lata. Wydano na nią ponad 16 mln złotych ze środków europejskich, Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej oraz z budżetu miasta Olsztyna. Zmienił się rozkład pomieszczeń w szpitalu, powstały nowe gabinety lekarskie, sale chorych z łazienkami, poczekalnie i korytarze. W budynku poprowadzono nowe kanały ciepłownicze, wymieniono instalacje wodno-kanalizacyjne, elektryczne i gazowe. Wymieniono też drzwi i okna. Budynek ocieplono i wyposażono w nową elewację. Wybudowano również nowe klatki ewakuacyjne.

Remont umożliwił uruchomienie w Szpitalu Miejskim, jako przedostatnim z olsztyńskich szpitali, uniwersyteckiej Katedry i Kliniki Dermatologii, Chorób Przenoszonych Drogą Płciową oraz Immunologii Klinicznej, w których kształcić się będą studenci kierunku lekarskiego Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego. W wyremontowanych pomieszczeniach funkcjonowały też będą: Oddział Reumatologii, Okulistyka, Oddział Leczenia Otyłości oraz Pracownia Fizjoterapii. Uruchomione również będzie hospicjum. Wszystkie pomieszczenia wyposażone zostały w nowoczesny sprzęt medyczny i aparaturę, na zakup której wydano milion złotych.

Ale nie tylko przez remonty i uruchamianie nowych możliwości leczenia Szpital Miejski w Olsztynie podnosi jakość świadczonych usług. Doskonalone są również stosowane w szpitalu procedury, a ich wysoką jakość potwierdzają zewnętrzne certyfikaty. Dzisiaj dyrektor szpitala Joanna Szymankiewicz-Czużdaniuk odebrała z rąk przedstawiciela firmy certyfikującej DNV Business Assurance dwa certyfikaty systemu zarządzania. Nowy, piąty już z posiadanych przez szpital certyfikatów, zaświadcza, że Miejski Szpital Zespolony w Olsztynie spełnia wymogi normy ISO/IEC 27001:2005 w zakresie zarządzania bezpieczeństwem informacji. Takim certyfikatem może poszczycić się tylko 19 placówek medycznych w Polsce.

Drugi z odebranych dziś certyfikatów przedłuża uzyskany trzy lata temu certyfikat Systemu Zarządzania Bezpieczeństwem Żywności wg normy ISO 22000:2005 na kolejne trzy lata.

Aktualnie miejski Szpital Zespolony w Olsztynie posiada pięć certyfikatów systemów zarządzania oraz Certyfikat Akredytacyjny Ministra Zdrowia.