W uroczystej inauguracji kongresu wzięli udział m.in.: metropolita warmiński abp Wojciech Ziemba, marszałek województwa Gustaw Marek Brzezin, prezydent Olsztyna Piotr Grzymowicz i rektor Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego prof. Ryszard Górecki. W ramach uroczystości otwarcia kongresu zaprezentowany został akt założycielski seminarium podpisany przez samego biskupa Stanisława Hozjusza.

Część merytoryczna dzisiejszego kongresu podzielona została na trzy sesje i dyskusję. Sesja I poświęcona była okresowi jezuickiemu w historii seminarium - jego początkom i rozwojowi do roku 1780. Sesja II to wykłady poświęcone okresowi 1780-1944, kiedy to seminarium działało w Braniewie. Ostatnia część dzisiejszego spotkania historyków poświęcona była okresowi diecezjalnemu w Olsztynie - od 1945 roku do dzisiaj.

Zakończenie kongresu jutro w południe, zaś w sobotę (21.11) w południe jubileuszową mszę świętą w kościele seminaryjnym odprawi nuncjusz apostolski w Polsce arcybiskupa Celestino Migliore.