Historia teatru sięga 1982 roku. Wtedy to, jako grupa teatralna Pracowni Olsztyńskiej, rozpoczął działalność w opuszczonym warmińskim gospodarstwie. Od 1986 roku działał jako Teatr Wiejski Węgajty, aż do roku 1996, kiedy wyodrębniły się dwa osobne zespoły: Schola Węgajty i Teatr Węgajty.

Najważniejsze realizacje, które powstały w Węgajtach, to: Historie Vincenza (1988), Gospoda ku wiecznemu pokojowi (1991), Opowieści kanterberyjskie (1996), Kalevala, fragmenty niepisane (1999), Missa pagana (2000), Upiorny całun, wg Dziadów Adama Mickiewicza (2001), Synczyzna, wg Ślubu i Trans-Atlantyku Witolda Gombrowicza (2004), Prolog komedii (2009).

W 2008 roku zainaugurowany został projekt teatru potrzebnego. Od tego czasu grupa stworzyła cztery spektakle z udziałem mieszkańców Domu Pomocy Społecznej w Jonkowie: Wesele/domena publiczna (2008), Iwona poślubiona, wg tekstów Witolda Gombrowicza (2009), Sen nocy letniej (2011), Ulica krokodyli (2014).

Od końca lat 80. teatr zajmuje się rewitalizacją lokalnych odmian kolędowania (Beskid Niski, Polska północna), od 1990 roku obrzędu suwalskiej Alelujki, a od 1996 roku rewitalizacją Zapustów na Warmii. W 2000 roku te aktywności stały się podstawą działań założonej wtedy Innej Szkoły Teatralnej. Od kilku lat każdy sezon IST kończy się przygotowaniem spektaklu. Jego kolejne sceny tworzone są w trakcie wypraw terenowych. W ten sposób powstał cykl pt. Cztery żywioły: Woda 2030 (2010), Ziemia B (2011), Ogień, kryzys, dworzec centralny(2012), Powietrze, e(ks)misje (2013), Wielogłos (2014) i Mniej! (2015).

Teatr angażuje się w lokalne inicjatywy społeczne: ekologiczne, animatorskie, edukacyjne. Od 2003 roku organizuje festiwal Wioska Teatralna.