Kapitułę warmińską utworzył w 1260 r. pierwszy biskup warmiński Anzelm. Pierwotnie kapituła była ulokowana w Braniewie przy kościele św. Andrzeja, który był kościołem katedralnym. Jednak po zniszczeniu świątyni podczas powstania Prusów kapituła w 1278 r. przeniosła się do Fromborka. Jej patronem pozostał św. Andrzej Apostoł, a nowa katedra otrzymała jako patronkę także Najświętszą Maryję Pannę - warownia zwana była „Grodem Naszej Pani”.

Biskup warmiński Anzelm, zgodnie z aktem erekcyjnym diecezji warmińskiej w 1277 roku, nadał kapitule trzecią część swojego dominium. Kolejni biskupi: Henryk Fleming powołał komornictwa fromborskie i melzackie (pieniężnieńskie), a Herman z Pragi - olsztyńskie. Tak ukształtowana została domena władzy świeckiej kapituły. Kanonicy mieli obowiązek organizowania i nadzorowania liturgii w katedrze fromborskiej, ale także zagospodarowywali przyznany im teren. Właściwie każdy biskup uzgadniał też z kapitułą ważniejsze decyzje o charakterze gospodarczym i prawnym.

Kapituła nazywana była w czasach Kopernika „kolegium wielu uczonych i pobożnych mężów”, bo każdy z ubiegających się o kanonię warmińską musiał wykazać się przynajmniej trzyletnimi studiami. Często naukę kanoników finansowała właśnie kapituła, czego przykładem jest najbardziej znany z kanoników warmińskich - Mikołaj Kopernik. Również dziś kanonicy warmińscy to osoby wykształcone, posiadające tytuły naukowe doktora lub profesora.

W niedzielę, 24 września, będzie miała również miejsce instalacja nowego kanonika, czyli wprowadzenie do kapituły. Kanonikat honorowy obejmie ks. dr Tomasz Pocałujko, który złoży wyznanie wiary oraz zajmie tradycyjnie swoje miejsce - stallach w prezbiterium katedry pw. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny i św. Andrzeja Apostoła we Fromborku. Tego dnia o godz. 11.00 odprawiona zostanie uroczysta msza św. z udziałem Warmińskiej Kapituły Katedralnej - Odpust Kanonicki.

Kapituła liczy obecnie 11 kanoników gremialnych i 12 kanoników honorowych. Ma też 6 kanoników zasłużonych. Prepozytem jest ks. prał. dr Andrzej Lesiński z Olsztyna.