Podstawą do wydania ww. decyzji było ustalenie w trakcie postępowania administracyjnego było stwierdzenie licznych przekształceń obiektu powstałe w latach jego użytkowania. Zdaniem konserwatora zabytków, dokonane przekształcenia doprowadziły do utraty autentyczności budynku dworca, co negatywnie wpłynęło na jego wartości historyczne, artystyczne i naukowe, a także znacznie obniżyło wartości zabytkowe całego zespołu.

Konserwator podkreślił także, iż rejestr zabytków, jako forma szczególnego reżimu ochrony, powinien obejmować jedynie obiekty pod względem tych wartości najcenniejsze. Dlatego objął ochroną konserwatorską 3 wiaty peronów nr 2, 3 i 4 uznając, że dokumentują one historię pierwszego, XIX-wiecznego dworca w Olsztynie jako jego ostatnia pozostałość. Są tym samym świadectwem przełomowego momentu w historii miasta i jego rozwoju, jakim była budowa linii kolejowej wystrucko-toruńskiej.

Decyzja konserwatora nie jest ostateczna. Stronom przysługuje odwołanie do Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego.